El territorio de Güicán estaba poblado por los aborígenes Tunebos a quienes en 1.635 se les ordenó para que hicieran sus bohíos. HERNAN PEREZ DE QUESADA les arrebató el oro y los echó de sus tierras. Pero estos no queriendo vivir bajo la tiranía de los blancos, resolvieron congregarse y tomar la decisión juramentada de lanzarse todos: mujeres, niños y adultos al abismo del hoy denominado “PEÑON DE LOS MUERTOS´´, que es en realidad un peñón de la gloria por el heroísmo de los nativos.

La Fundación de Güicán está ligada a la historia de la imagen de la “Virgen de la Morenita´´, en 1.756 llegó a este territorio el misionero Miguel Blasco, quien hizo levantar un rancho de tapia pisada y lo cubrió de paja, cerca de allí escarbo en medio de dos grandes piedras donde improviso la capilla donde rezaba ante una imagen de María, la que no era admirada por los tunebos, porque comentaban que ellos veneraban una señora celestial grande y bella, noticia que lleno de curiosidad al misionero. Es así como este llega a la cueva denominada “La Cuchumba´´, allí encontró una imagen de María alumbrada con cera de laurel y frailejones y por causa del humo despedido por la trementina, la imagen se tornó morena.El aborigen más viejo sostuvo que un hombre de barba blanca y túnica blanca les regalo la imagen y les enseño a rezar y venerarla. El Padre Blasco convenció a esta comunidad sobre la conveniencia de trasladar la imagen a la capilla, la que hoy se encuentra en la catedral de Güicán. 1.757, fecha real de la Fundación Hispánica de Güicán. Güicán participo en la Revolución de los Comuneros de 1.781, enviando un ejército de indios flecheros. Don Pedro José Ortega representó a Güicán en la sanción de la Constitución de Tunja en 1.811. En 1.814 Güicán quedó incorporado al Departamento del Noreste y en 1.843 fue integrado al Cantón del Cocuy.