Este municipio fue fundado el 28 de febrero de 1541 por el  Capitán Gonzalo García Zorro. En el actual espacio geográfico de El Cocuy, existió anterior a la Conquista un asentamiento indígena cuyo Cacique se llamaba CHOQUI, COQUY, COCUI O COCUY, nombre que tomaron los conquistadores para hacer referencia a este lugar. Habitaron en la región de Los Molinos, la Loma del Cerezo, El Santuario, El Cañaveral y en la cabecera de la actual población, como lo escribía en el año 1918 el señor Arcecio Orjuela: “…Refiérase que después de atravesar dicha región montañosa, selvática y cubierta siempre de brumas y ya en la falda occidental de la serranía, llegó Espira con su gente en una espléndida tarde de verano a la cima de una alta colina llamada desde entonces La Isleta, desde donde divisaron un valle y le dieron el nombre de COCUYO… LUZ DE LA TARDE”, que ha conservado hasta nuestros tiempos. En 1541 el Capitán Hernán Pérez de Quesada, envió a Gonzalo García Zorro a poblar y conquistar la provincia de El Cocuy, siendo la cuarta población fundada legalmente por los españoles en el Nuevo Reino de Granada.